В Дубоссарах музей был основан в 1970 году, как музей революционной, боевой и Трудовой Славы на общественных началах, директором которого была назначена Наталья Михайловна Курасова. Поводом к созданию музея послужил богатый материал, собранный исследователями района при поисковой работе, открытие было приурочено к 25-летию Победы в Великой Отечественной войне.
2 августа 1974 году музею был присвоен статус Государственного историко-краеведческого музея, которым 19 лет руководил участник Великой Отечественной войны Николай Кириллович Горюнов. Для размещения музея было выделено здание дореволюционной постройки по ул. Ленина, 134. Первыми научными сотрудниками музея были Эдуард Федорович Любимов и Ольга Трофимовна Зарицкая, которые совместно с приглашенными специалистами из Кишинева подготовили музейные экспонаты к переезду в новое здание.
23 февраля 1978 г. состоялось торжественное открытие первой экспозиции музея. Для жителей города Дубоссары и района это стало важным культурным событием. В годы советского периода историко-краеведческий музей считался одним из лучших районных музеев МССР, за что неоднократно награждался грамотами и дипломами. Также за особые заслуги при освещении боевых действий 203 Запорожско - Хинганской стрелковой дивизии в ходе освобождения Дубоссарского района от немецко-румынских захватчиков Совет ветеранов этой дивизии удостоил историко-краеведческий музей Почетным знаком «Ветеран 203 стрелковой дивизии».
Историко-краеведческий музей г.Дубоссары один из первых в Приднестровье, в своей выставочной работе начал освещать события в период агрессии Молдовы против Приднестровской Молдавской Республики в 1990-1992 гг.
В канун своего 30-летия, в 2000 г, музей был переведен в двухэтажное здание по ул. Советской, 9. В залах музея представлены стационарные и передвижные выставки из собраний фонда музея.
Огромную помощь в комплектовании фондов музея оказывают жители города и района, которые безвозмездно дарят личные вещи, предметы, обогащая тем самым историю нашего края. Сегодня фонды музея составляют более 24 тыс. единиц хранения, из которых на выставках представлены около 3 тысяч. В 2008 г. музею была присвоена II квалификационная категория.