Музей был открыт 1 сентября 1997 года в год пятилетия Бендерской трагедии.
Создание экспозиции музея стало первой попыткой в республике осмыслить и в хронологической последовательности отразить специфическими музейными средствами события в Приднестровье и г. Бендеры конца XX века, начиная от политических забастовок августа-сентября 1989 года, создания приднестровской государственности, ее вооружённых сил, отражения агрессии Молдовы весной и летом 1992 года до послевоенных событий в городе и республике.
Фото, документы, вещественные материалы, представленные в экспозиции, исторически точно и, что особенно важно, эмоционально с учётом современных экспозиционных требований воссоздают картину событий, раскрывают героизм защитников города, самоотверженность бендерчан в дни тяжёлых испытаний.
Зал Памяти и Скорби стал продолжением экспозиции Мемориального музея Бендерской трагедии и был открыт в июне 2002 года, когда республика отмечала десятилетие Бендерских событий.